О рождении дочери Джеффри сообщил в социальных сетях, назвав ее "чудесной" и поблагодарив жену. Других подробностей - вес, рост, имя - актер не указал. Вместе с супругой Морган Бертон они также воспитывают 7-летнего сына Агастуса. О том, что пара ждет второго ребенка, стало известно на церемонии "Эмми" в сентябре прошлого года, на которой Морган появилась с округлившимся животом.
О личной жизни Джеффри Дина Моргана, профессиональный дебют которого случился в сериале "Скорая помощь", старается последние годы не распространяться. До встречи с супругой в 2009 году он был помолвлен с актрисой Мэри-Луиз Паркер. Джеффри воспитывал сына Мэри-Луиз от актера Билли Крудапа (нынешний бойфренд Наоми Уоттс), но в 2008 году пара неожиданно распалась.